20世紀上半葉，清華大學的學生運動特別活躍，學生們經常驅趕校長，清華大學的校長當得很狼狽。然而，梅貽琦在清華做了17年校長，任何時期，清華學生喊出的口號都是“擁護梅校長”。1962年，梅貽琦在臺灣去世，大家把他安葬在他親自創辦的清華原子能研究所（后改稱新竹“清華大學”），他的墓地被稱為梅園，一年一度，新竹清華人都會舉行盛大的祭“梅”活動，以紀念這位杰出的教育老人。

梅貽琦受到清華師生如此崇敬，當然與他確立的“教授治校”的清華傳統有關。在清華，做一個好教授永遠是最神氣的，梅貽琦說過：“大學者，非有大樓之謂也，有大師之謂也。”他還說：“我這個大學校長是幫教授搬凳子的。”不過，有一點，我們絕對不可以忽視，梅貽琦之所以影響巨大，也由于他崇高的道德操守。

作為深受西方文化影響的知識分子，梅貽琦有著極強的規則意識。1938年，奉國民政府教育部的命令，清華大學與北京大學、南開大學合組西南聯合大學，遷往昆明，當時的云南省政府主席龍云在人財物等方面給了西南聯大最大的支持。有一天，龍云特地來拜訪梅貽琦，說孩子沒有考取聯大附中，請求破例錄取。梅貽琦留龍云吃飯，并請聯大教務長潘光旦作陪。席間，梅貽琦先生請潘光旦派老師晚上輔導龍云的孩子，等明年再考，并且言明老師的家教費得由龍主席支付。對別人堅守規矩，對自己的子侄更不例外。當年，梅貽琦的侄子梅祖武、小女兒梅祖芬都報考過清華大學，因為成績不合格，一個去了北洋大學北京分部（即后來的北京大學工學院），一個去了燕京大學。梅貽琦做了那么多年的清華大學校長，沒有憑個人關系錄取過一個“自己人”，他曾囑咐秘書和有關招生的老師，凡要求破例錄取的信件，不必轉給他本人，一律按規定辦事。

梅貽琦特別廉潔，首先是使用公款非常節省。劉宜慶《絕代風流》一書介紹：抗戰之初，梅貽琦剛到昆明，就退掉司機，將個人使用的小汽車拿來公用。他外出有公務，近則步行，遠則搭蔣夢麟或別人的車。1941年7月，梅貽琦、鄭天挺、羅常培在成都準備轉重慶回昆明，梅貽琦聯系到了飛機票，此時恰好又有個乘郵政汽車的機會，想到乘郵政汽車可以給公家節約兩百多元，梅貽琦毫不猶豫地退掉了飛機票。

梅貽琦非常鄙夷化公為私的行為，寧可委屈自己，也絕不占公家半點便宜。20世紀30年代初，梅貽琦剛出任清華大學校長，就主動放棄前任校長享受的免交電話費、免費雇傭家庭幫工、免費拉兩噸煤等幾項“特權”。 1939年以后，昆明物價飛漲，師生基本生活極難維持，梅貽琦向國民政府教育部申請了一些補助金，有給老師的，有給學生的。梅貽琦的四個子女都在聯大讀書，他卻不讓妻子領取補助金。其實，梅貽琦一家也過得非常清苦，他一個月的工資只能維持一家人半個月的生活，其妻子不得不做些糕點寄賣以補家用。1942年，美國駐華大使特別助理費正清來昆明，拜訪聯大的金岳霖、張奚若、錢端升等人，梅貽琦請其吃飯，本來完全可以用公款報銷，他卻為費正清舉辦家宴，一頓飯花了不下一千元，而他當時的月薪不足600元。1962年，梅貽琦在臺灣去世，身邊的人打開他病中一直攜帶的一個箱子，里面全是清華基金的數目，一筆一筆，分毫不爽。

現在一些大學校長常常為人詬病，官僚氣、勢利、以權謀私、浪費、學術腐敗都是其顯見的病灶，他們與梅貽琦等過去的校長的區別，既體現在學識上，更體現在個人操守上。