1947年3月7日，蔣介石強迫中共在南京、上海和重慶等地擔任談判聯絡工作的全體代表和工作人員全部撤退。中共代表撤退前，將房屋、財產全部交由民盟代管。

   民盟堅持在國統區進行公開、合法的斗爭，引起國民黨的極大仇恨，利用《中央日報》等公開提出否認民盟的“合法平等地位”，造輿論污蔑民盟“準備甘為中共之新的暴亂工具”。民盟仍堅持以和平的、合法的方式解決國內政治問題，并發起和平運動，以張瀾為首的5位民盟參政員在國民參政會上提出了《停止內戰恢復和平案》。

   6月1日，國民黨動用大批軍警憲特，在全國十幾個大城市，對民盟等民主黨派、民主人士和進步師生進行了逮捕，民盟盟員被捕百余人，其中僅重慶、成都兩地就有30多人，包括民盟中央委員楊伯愷、于邦齊，他們與另外11位盟員一起，于1949年12月7日成都解放前夕，被殺害于成都外西十二橋。

   此后，國民黨又進行了兩次大逮捕，不少盟員被捕后關押在重慶“中美合作所”，28人于1949年11月17日重慶解放前夕就義，其中包括《挺進報》的創辦人陳然，“雙槍老太婆”鄧惠中。1947年3月，民盟中央常委兼西北總支部主任委員杜斌丞被捕。10月7日，國民黨西安警備司令部誣稱“中共關中地委杜斌丞積蓄武力，圖謀不軌，并慫恿國軍叛變，經詢問明確，應處死刑”，槍殺了杜斌丞。

   民盟對國民黨的法西斯行為，一再進行抗議和斗爭。同時，基層盟員也作了轉入地下進行秘密斗爭的準備。

1947年10月1日，國民黨政府新聞局局長董顯光宣布民盟是“中共之附庸”，“民盟分子破壞總動員，參加叛亂，反對政府”。23日，大批國民黨特務包圍和監視南京民盟總部。27日，國民黨政府內政部發言人宣布民盟為“非法團體”。28日，國民黨中央社發表《政府宣布民盟非法》的聲明，聲稱：“民主同盟勾結共匪，參加叛亂”，“煽動五月學潮及上海工潮”，“作叛亂宣傳掩護共匪之間諜活動”，并“企圖顛覆政府”，應“嚴加取締，以遏亂萌”。

   在上海的張瀾、沈鈞儒、黃炎培、章伯鈞、史良、葉篤義等民盟領導人舉行緊急會議，派黃炎培、葉篤義去南京，會同在南京的羅隆基與國民黨政府談判交涉，并吁請美國駐華大使司徒雷登出面斡旋。

   邵力子直截了當地說：“民盟不成仁，便成義”，司徒雷登反勸民盟“光榮解散”。國民黨行政院院長張群威脅說：“民盟總部如不解散，各地干部將有700余人被捕，羅隆基有生命危險。”陳立夫指令民盟單方面發表由陳立夫等在南京事先起草、經國民黨當局最后審定的公告，宣布解散，并告知黃炎培：公告上的文字一個字也不許改動，否則即全部作廢。

   11月5日晨，黃炎培、羅隆基、葉篤義由寧返滬。當日，民盟中央常委擴大會議在張瀾住處舉行，參加的人有張瀾、沈鈞儒、黃炎培、羅隆基、史良、張云川和葉篤義。

   討論過程中雖有各種不同意見，但“最后大家勉強同意”（葉篤義《雖九死其猶未悔》）。“大局被迫至此，已無否認之余地，乃決照原稿付公表。”（《黃炎培日記》）為換取盟員向當局“登記”之條件，以保護盟員，最后決定民盟宣布自動解散。當時樓下屋子里擠滿了軍警和記者，門外停著兩輛警車。葉篤義含著眼淚下樓，將公告交給等候在那里的記者們。

11月6日，張瀾以民盟中央主席名義發表的《中國民主同盟總部解散公告》在全國見報。第二天，張瀾以個人名義在《時代日報》（此為蘇聯在上海辦的中文報，其余所有中文報紙都拒絕或不敢登載）發表聲明：“余迫不得已于11月6日通告全體民主同盟盟員，停止政治活動，并忍痛宣布民盟總部解散，但我個人對國家之和平民主統一團結之信念及為此而努力之決心絕不變更”，呼吁全體盟員“繼續為國家之和平民主統一團結而努力”。

   國民黨用法西斯手段強迫民盟宣布解散，引起了國內外輿論的強烈譴責。

   民盟總部宣布解散后不久，組織委員會就重新開始工作，11月下旬開始與各地方組織聯系，采取措施轉移或隱蔽干部。12月2日，在總部組織委員會主持下，民盟第一個地下支部上海市支部秘密成立，開始活動。各地盟組織和盟員在總部組織委員會的指導下先后轉入地下斗爭。民盟南方總支部領導下的各地方和海外支部得到廣大愛國華僑的支持，廣為發展，做了大量工作。境內境外都有大量盟員為中國革命的勝利獻出了寶貴的生命。